二周目开始
　　圣特安努轮船
　　经历了精灵联盟的大战,终于回到自己的家.下楼,被妈妈告知博士找自己有事.去研究所和博士对话,获得圣特安努船票.
　　飞往浅木,去码头,刚一进码头又看见了大木博士.和他对话,图鉴升级为全国图鉴.现在在浅木左边的战斗边疆可以去了,与白金版无区别
　　和码头下面的水手对话,就可以上船了.
　　船开动后向里走,突然被一个老人撞到.急急忙忙的老人说自己的孙女走丢了,让你帮忙找找
　　打几个1F的NPC后下到下一层,向右想去动力室,结果却被水手阻拦了.
　　这时回一层,去右边四个间的左下间,和装病的水手战斗后他回去工作了,再回动力室的入口,可以进入了
　　往里走来到船长室,发现老人的孙女正在和船长玩.和女孩说话,女孩跑掉了.
　　上到地下一层,去最左边的左下角发现小女孩,对话后她便回到了爷爷身边.爷爷以金属外套做为答谢
　　这时候船到站了,下船
　　枯叶
　　下船后沿着码头的桥向上走.突然会在右边发现水君...它跑掉之后米那君一如既往地出现,对话后离开.
　　进入枯叶,恢复体力后直接去左下方的电系会馆
　　会馆一共有三排垃圾箱.我们需要不停地调查每个垃圾箱.这三排中,只有一个垃圾箱里面有"第一把钥匙".
　　当获得第一把钥匙后,说明"第二把钥匙"就在"第一把钥匙"的旁边一个位置的垃圾箱.如果第一个钥匙垃圾箱前后左右都有垃圾箱,那么就比较麻烦了.如果接下来没有直接找到第二个钥匙,那么就前功尽弃了,因为要重新寻找第一个钥匙(刷新了)
　　两把钥匙都入手后,馆主大门打开,进去挑战吧
　　L51雷丘
　　L47顽皮弹
　　L47顽皮弹
　　L49三合一磁怪
　　L53电击兽
　　获胜后获得电系徽章和TM34电击波
　　从现在开始,会在关东的广袤地图上碰见很多训练师,也会有很多道路等着我们探索.由于它们之中很多并不对流程产生影响,我可能会略过不提.然而为了体会游戏乐趣和提高等级,还是希望大家能够认真对待.
　　金黄
　　从枯叶向北来到金黄(右边的地下路走不动)
　　PC中心之后前往右上方的超能会馆
　　会馆由很多间组成.每个间有四个传送装置.如果你在一个上方的传送装置,就往下走.如果你在一个下方的传送装置,就往上走.这样反复后很容易看见了馆主.
　　馆主:
　　L53光伊布
　　L55胡地
　　L53吸盘魔偶
　　胜利后获得徽章和TM48交换特性
　　彩虹
　　金黄向左,来到了彩虹.这里和黄金城一样非常繁华,坐落着商场,游戏厅,GAMEFREAK等等.
　　去城下方,对着一棵小树使用居合斩.然后一路走过去,看见草系会馆.
　　草系会馆中装有很多茂密植物生长的蓬.只要看清哪里有可以通过的缝隙还是不难的.
　　走到深处看见馆主,开战
　　L51毽子棉
　　L52蔓藤怪
　　L56大食花
　　L56美丽花
　　胜利后获得徽章和TM19亿万吸收
　　浅红
　　彩虹向左,进入单车道(必须在门口换上自行车才能进入)
　　单车道可以靠惯性一直向下,有两条车道
　　熬过漫长的单车道和海量训练师后,向右走进入海滨城浅红
　　向下的海路由于施工被堵住了,还是直接进GYM吧
　　毒系会馆有很多看不见的墙阻隔(其实现在如果撞上是可以看见的).要先贴着右边的墙,一路逆时针前进.
　　会馆所有NPC都长成女者的相貌,不过大多数对话后都会变回真身
　　走到左边的墙后进入中间部分.摸索一会儿就找到了真正的馆主.
　　L47叉字蝙蝠L44双弹瓦斯L44阿列多斯L47阿列多斯L49末入蛾
　　战胜后获得徽章和TM84毒突
　　15-14-13-12路,紫苑镇
　　从浅红向右出发,依次来到15,14,13,12路.一路异常漫长,海量的NPC拦路,想要练级的话很方便.
　　13路上有个民宅,可以拿最终钓竿
　　12路走着走着会在右边看见水君,米那君再次出现.
　　顺着12路一直向北,就来到了紫苑镇
　　紫苑镇向右,又回到了金黄,绕了一大圈
　　华蓝,发电站,24路,25路
　　从金黄向上,来到了华蓝.华蓝的会馆里空空荡荡,只好向右走了(要先向上走一点,再去右边)
　　顺着九路一直走,看见了一条小河.使用冲浪向下,来到了发电站.
　　和发电站站长对话,得知发电站有一个零件被偷走了.刚要离开的时候门卫突然进来,告诉厂长在华蓝发现了零件的踪迹.
　　返回华蓝,进入会馆.这时突然撞上一个火箭队员.打败他之后他跑掉了
　　从华蓝向上,来到24路.这时又看见了那个队员强行躲入了一对情侣的中间...把他抓出来,对话,告诉了他火箭队已经覆灭的,
于是他慌忙离去了.然后一定要和这对情侣对话.
　　继续向上,然后向右沿着25路走.走到尽头的时候看见了一对男女正在幽会.这时,男子急忙走掉了,女子赶了过来和主角说了几句后也走掉了
　　回到华蓝,回到会馆,此时会馆终于有人了.很容易地走到里面,挑战馆主(就是刚才在25路上碰见的那个)
　　L49哥达鸭L49沼王L52乘龙L54海星
　　胜利后获得徽章和TM03水之波动
　　然后站在会馆左上游泳圈的上方,调查游泳圈,终于获得发电站的零件
　　拿着零件回到发电站,交给站长后获得技能机器充电光线
　　离电站,左边出现了L50闪电鸟,速速捉之
　　解决发电站事件后的后续事件
　　1.回到25路尽头,又看见了水君,米那君也来了.这一次我们终于可以捕捉水君了,祝好运
　　2.回到金黄,和新干线车站下方民宅(城左上),来到二层,和模仿少女对话,得知她心爱的皮皮玩偶不见了
　　回到枯叶,去俱乐部(会馆上方),和胖子对话,他还给了你皮皮玩偶
　　然后回去找模仿少女,还给她皮皮玩偶,然后就可以拿到新干线车票了
　　拿着车票去上方的车站,可以乘坐新干线去黄金城(两个城之间可以来回无限坐)
　　3.去紫苑镇的广播台,和台长对话,广播卡得到了升级
　　从枯叶向右,在堵路的卡比兽面前,使用菜单左下角的口袋齿轮,选择使用广播,然后要用触笔,把广播点拉到左上的某个位置,如果位置对了的话会响起精灵笛子的悠扬音乐.
　　伴着笛子的声音,和卡比兽对话,卡比兽被吵醒了,进入战斗,速速捕捉
　　之后就可以进入地鼠山洞了,一直向上走就可以走出去
　　出洞后,对着树使用居合斩.出来之后向上走来到尼比
　　尼比,月见山
　　从精灵中心出来之后去左上的岩石会馆
　　非常淳朴的会馆,一路进去看见馆主,开战
　　L51隆隆石L51铁甲犀牛L52多刺菊石兽L52镰刀盔,L54大岩蛇
　　打败后获得徽章和TM80岩崩
　　然后去一块比较高的平地,和老人说话,获得了银 {MOD}羽毛(银版获得金 {MOD}羽毛)
　　从尼比一路向右,打败各种NPC后进入月见山,再次遭遇对手,开战
　　L46纽拉46三合一磁怪L46大嘴蝠L48胡地L48耿鬼L50三主角
　　获胜后继续走吧,过了月见山又回到了华蓝
　　捕获洛奇亚
　　持有了银 {MOD}羽毛让我们回到关西去捕获另一只圣鸟洛奇亚吧
　　前往浅木(准备好闪光/漩涡/冲浪PM),向下冲浪,看见了四个漩涡岛
　　一定要记住走右上方的那个,使用漩涡,进洞
　　向右走,记住跳上方的栅栏,然后下梯子
　　之后就比较简单了,一直向下走,中途会有一个人查看你的银 {MOD}羽毛.
　　最深处的洞穴,走进去,发现洛奇亚静静地躺在水面,开战吧,L70,龙潜+高空轰炸+原始力量+神秘守护,攻击技能的PP会很快耗完
　　常磐森林常磐
　　从尼比向下走,进入常磐森林
　　草地很密,怪物等级很低,路不很难
　　一直向下走出了森林,再走一会儿就是常磐了
　　去精灵中心回血.出来之后发现会馆被挡住了
　　会馆左边有一个设施,可以挑战一个使用L50大菊花+火爆兽+大力鳄的人,而你的等级也会被压成L50,只能带进去三只,而且打完了没有经验...一切和战斗塔规矩一样
　　打完之后继续向下走,进入一路
　　一路真新镇
　　一路也多了不少训练师,不过还是建议大家在赶路的间隙,多多欣赏背景音乐.
　　一路向下,来到了口袋妖怪最最开始的地方:真新镇
　　大木博士的研究所坐落于此,不过暂时没有什么用处,先冲浪继续向下吧
　　红莲岛,双子岛
　　从真新镇下来是漫长的海道,游下来之后来到了红莲岛
　　这里已经被火山喷发所破坏了,只剩下一个精灵中心
　　回血之后继续冲浪,从红莲岛向右,打败一路的NPC,来到双子岛
　　一进门,有一个梯子和一个向下的口,进入梯子,发现这里原来就是火系会馆的所在之地了
　　里面的NPC被打败后会向反方向退一格,按照这个原理通过左边的那个家伙进入中间,和馆主对话后进入战斗
　　L54熔岩蜗牛L54鸭嘴火龙L59烈焰马
　　胜利后获得徽章和TM50燃烧殆尽
　　出来之后进入下面的口,进入双子岛
　　这里和冰天地一样需要各种滑冰.如果你是从会馆旁边的口进入的双子岛,那么请不要在一个滑冰+怪力术的地方纠缠,因为那里是上不去的.我们只需要在它下面的推冰关卡通过就可以.
　　过一段路途后,会在遇见L50急冻鸟
　　捕获完毕,回到红莲岛,去和上边的小茂对话,说完之后他走掉了
　　回到常磐
　　进入GYM,这里使用了非常经典的方向箭头装置(最早应用于四 {MOD}版的火箭队地下基地,后来在DP的炼铁厂也有)
　　走这种东西的要点是不断,你目前站立的位置,可以选哪些路,然后比划一下,哪条路会去哪里.之后就可以知道正确的路了
　　还是那句话,排除掉一切不可能之后,剩下的就是唯一的可能性
　　走到里面,挑战最后的馆主小茂,他使用的并不是固定属性的PM
　　L55椰蛋树L56怪力L58铁甲暴龙L58风速狗L52暴鲤龙L62比雕
　　多说一句,椰蛋树很可能释放欺骗空间,为怪力和铁甲暴龙机会,要小心些
　　获胜后获得徽章和TM92欺骗空间
　　杀入白银山
　　从常磐会馆出来,接到大木博士的,去真新镇找他吧
　　来到真新镇,去研究所,和博士对话,得到了HM08攀岩,并接到了去白银山探险的任务
　　回到常磐,向左走,走进冠军之路的入口,向左,来到了28路,顺着28路一直走来到了精灵中心,左边已经可以看见白银山山洞
　　白银山
　　需要会冲浪/攀岩/攀瀑的PM
　　一进洞,左边有水,游泳后连续几次攀瀑,最后来到一个洞穴,L50火焰鸟在下面,攀岩下去之后对话战斗
　　在开始的洞口,从右边攀岩上去,有一条较长的路.走一会儿以后,右边出现出去的口.出去后到达露天地带,还要继续需要攀岩.
　　选择某攀岩路线后又进入了山洞,经过跋涉后,终于来到了一片下雪的区域.在这里,最后的BOSS,口袋妖怪初代主角RED正在等待最终的挑战
　　其实,雪中的决战很有武士道的感觉呢(当然这雪天会比较影响对战的,为此组个雪队也不是不可以)
　　小智的队伍
　　L88皮卡丘L84妙蛙花L84喷火龙L84水箭龟L80乘龙L82卡比兽
　　第一只的皮卡丘携带了电珠,两攻非常高,除了电系输出还有钢尾巴,比原来难对付了,不过防御还是那样OTL
　　乘龙不受雪天伤害,而且有暴风雪伺候你,另外还有精神干扰和潮水
　　卡比兽用格斗大招招呼吧
　　喷火龙除了火系输出以外有空气切割进行封锁
　　妙蛙和水龟都中规中矩
　　整体而言比以前的金银BOSS难度增加了,主要是对等级的要求增加了.如果觉得苦手,可以再次挑战天王练级
　　获胜后RED无言,走掉,再次进入通关画面,宣告二周目完毕了.
　　通关后的一些要素
　　1.初代三主角
　　回真新镇找大木博士,发现他桌子上准备了三个精灵球.没错,这里我们可以获得任一只初代三主角(妙蛙种子,小火龙,杰尼龟).需要队伍有空余
　　2.宝石三主角
　　去金黄的希鲁夫大楼(最宏伟的那个).一层会看见芳缘联盟的冠军代后.与他对话,他会询问你喜欢什么样的瞳孔.第一项绿 {MOD}获得木守宫,第二项红 {MOD}获得火稚鸡,第三项蓝 {MOD}获得水跃鱼.也要求队伍有空地
　　3.超梦(需要闪光,冲浪,攀岩)
　　去华蓝,上24路,在左边的河流冲浪,上岸后看见了华蓝山洞的入口,进去吧
　　这个山洞会有比较多的岔路,不过岔路也就是拿些道具什么的(十万伏特,黑泥什么的)
　　一直向里走,最后看见了L70超梦,技能是健忘+念力切割+两个辅助技能,在技能上比较放水了
　　祝捕获顺利,话说造型还可以
　　4.GBPLAYER
　　去彩虹,到中心左边的一个楼,坐电梯前往三层,来到了GAMEFREAK(现实中口袋妖怪游戏的)办公室,和右边一个人对话获得了重要道具GBPLAYER,使用的话,全地图的BGM基本都变为了GBC单音模式(虽然如此,有些音乐还是被加工得更圆润了).这个工具对于接触原作金银的朋友没什么意义,对老玩家来说可能不同
　　5.海皇牙
　　首先要记住,开启这任务的条件是二周目已经通关(打败小智一次)并从大木博士那里获得了一个初代主角PM.
　　然后一定要带上会冲浪/攀瀑/攀岩的PM
　　我们首先要去30路的老爷爷家(得到图鉴的地方).刚一进屋,老爷爷十分激动,对话后获得了一个蓝 {MOD}的玉(魂银版获得红 {MOD}的玉)
　　之后前往湛蓝(格斗会馆所在地),向上进入左边的山洞口.刚一进入,看见了格斗馆主阿四,对话后阿四离开.继续向下走,出洞.
　　走几步又看见一个洞口(山男旁边那个),从那里进去.会看见上下两个梯子.向上的梯子是前往狩猎场的.我们此时应该向下走.
　　出洞,冲浪,一直贴着下面的岩石向左走,走一会就可以登陆了
　　登陆后,用两次攀岩,进洞.
　　L50的海皇牙(金)/古拉顿(银)就在这里等待我们,开始战斗吧(音乐貌似是宝石版抓它们的原声)
　　联盟天王大幅度加强
　　再次回到精灵联盟,堵路的家伙依然在,交谈过后可以进入了.
　　五个天王全部大幅度加强,增加了挑战的难度和乐趣
　　五木
　　铜钟Lv.58
　　迷唇姐Lv.60
　　呆河马Lv.60
　　沙奈朵Lv.61
　　天然鸟Lv.62
　　阿橘
　　毒臭鼬Lv.61
　　末入蛾Lv.63
　　斗蛙Lv.60
　　臭臭泥Lv.62
　　叉字蝠Lv.
　　吞食兽Lv.62
　　志霸：
　　柯波朗L.62
　　沙瓦郎Lv.61
　　艾比郎Lv.61
　　超力王Lv.62
　　怪力Lv.
　　鲁卡利欧Lv.
　　花梨：
　　玛狃拉Lv.62
　　灵墓影Lv.62
　　阿勃梭鲁Lv.62
　　暗鸦王Lv.
　　黑鲁加Lv.63
　　月精灵Lv.
　　暴蝾螈Lv.72
　　暴鲤龙Lv.68
　　狂噬鲨Lv.72
　　七夕青鸟Lv.73
　　喷火龙Lv.68
　　快龙Lv.75
　　全文完
　　即使二周目通关了,游戏仍然只是刚刚开始.古拉顿/海皇牙,钻珍三神,狩猎场,竞技场,战斗边疆,果实培育盒...很多要素还在等待我们去探索.广袤的两块地图也还隐藏着很多秘密呢.