不是一样的。
恢复出厂设置，指的是把手机里的通讯录、短信、己安装的软件等都删除，把手机恢复到1653刚买到时的状态。如果手机已经root，并删除了一些自带的软件，恢复出厂设置会出错，此时不建议恢复出厂设置，最好刷机。
刷机，主要有两种形式：一、刷官方固件（刷机包），这个是手机官方提供的刷机包，一般是对手机系统的升级（如果是与手机原系统版本相同，则一般没有升级。这个时候，刷进官方固件，就相当于是恢复出厂设置了，而且没有上述所说的问题）。二、刷第三方固件，这个一般是刷机爱好者或者团队移植、修改过的系统，与原系统有很大差距，具体的刷机教程请参考手机对应型号的论坛。