跨期套利交易是国债期货套利交易中最常见的，是指交易者利用标的物相同但到期月份不同的期货合约之间价差的变化，买进近期合约，卖出远期合约（或卖出近期合约，买进远期合约），待价格关系恢复正常时，再分别对冲以获利的交易方式。例如，2011年11月，某投资者发现，2012年3月到期的5年期国债期货价格为106元，2012年6月到期的5年期国债期货价格为110元，两者价差为4元。投资者若预测一个月后，3月到期的5年期国债期货合约涨幅会超过6月的5年期国债期货合约，或者前者的跌幅小于后者，那么投资者可以进行跨期套利。 国债期货基差是指国债期货和现货之间价格的差异。 　　基差交易者时刻关注期货市场和现货市场间的价差变化，积极寻找低买高卖的套利机会。做多基差，即投资者认为基差会上涨，现券价格的上涨（下跌）幅度会高于（低于）期货价格乘以转换因子的幅度，则买入现券，卖出期货，待基差如期上涨后分别平仓；做空基差，即投资者认为基差会下跌，现券价格的上涨（下跌）幅度会低于（高于）期货价格乘以转换因子的幅度，则卖出现券，买入期货，待基差如期下跌后分别平仓。

国债期货的交易策略根据目的的不同而不同，主要分为投机、套利和套期保值三种交易方式，每一种交易方式都具有不同的交易策略。 投机就是在价格的变动中通过低买高卖获得利润的交易行为。在未来，国债期货的价格也会随着基础资产国债现货价格的变动而变动，因此也会存在投机的交易行为。投机交易根据预测涨跌方向的不同而分为多头投机和空头投机。所谓多头投机就是预计未来价格将上涨，在当前价格低位时建立多头仓位，持券待涨，等价格上涨之后通过平仓或者对冲而获利，同理空头投机就是预计价格将下跌，建立空头仓位，等价格下跌之后再平仓获利。在策略上，一般分为下面几种：
部位交易 部位交易就是指投机者预测未来一段时间内将出现上涨行情或下跌行情，在当前建立相应头寸并在未来行情结束时进行对冲平仓。这是大多数专业投资者使用的策略。这种交易策略的特点就是持续时间较长，主要基于基本面走势的判断，是最常见的交易策略之一。
当天交易 当天交易就是指投机者只关注当天的市场变化，在早一些的时间建立仓位，在当天闭市之前结束交易的策略。这是少数非专业投机者使用的策略。这种交易属于搏短线，初级交易者或者消息派经常使用。
频繁交易频繁交易就是指投机者随时观察市场行情，即使波动幅度不大，也积极参与，迅速买进或卖出，每次交易的金额巨大，以赚取微薄利润。这样的策略特点是周转快，盈利小。一般是程序式量化投资方式或者操盘手操作方式。 在国债期货市场中，不合理的关系包括的情况有同种期货合约在不同市场之间的价格关系，不同交割月份间的价格关系，不同交割国债期货的价格关系。
根据这三种不同的价格关系，套利可以分为跨市场套利、跨期套利和跨品种套利。
1、跨市套利目前中国金融市场上在不同市场上发行和交易的国债品种和数量很多，基本上每年每期国债都可以在银行间市场和交易所市场上市交易，但在交易所交易活跃的品种并不多，跨市场套利时有出现，并不经常。当前国债期货更只是在中金所（中国金融期货交易所）上市，而非1994年推出的国债期货，在北京、上海、深圳等交易所上市。截至到2012年2月，在银行间市场和交易所市场同时上市的国债有136只，总规模为4.26万亿，其中只有21国债⑺、02国债⑶、02国债⒀、03国债⑶、03国债⑻、05国债⑴、05国债⑷、05国债⑿在交易所成交比较活跃。以后发行的国债基本上在交易所基本无交易，难以做到跨市场套利。
我们以1995年上市交易的92⑶03国债期货为例，介绍一下跨市场套利策略。
这是92年发行的国债在北京和上海共同上市交易的例子，为了便于说明策略，以后都以张为单位。从表2可以看出，虽然在1995年1月24日时盈利达到2.25元，可以看作是较好的平仓时机，但如果在建仓之后没有出现这样的平仓时机也不用担心，在交割期时就可以稳赚1.22元的净利润（1月11日时的利润，不考虑时间成本）。
2、跨期套利所谓跨期套利就是在同一期货品种的不同月份合约上建立数量相等、方向相反的交易部位，最后以对冲或交割方式结束交易、获得收益的方式。最简单的跨期套利就是买入近期的期货品种，卖出远期的期货品种。比如当前正在仿真交易的国债期货品种TF1203和TF1209。这两个品种都是5年期、票面价值为100万、票面利率为3%的国债期货，交割期分别为3月和9月，之间相差半年。
如果我们当前买入国债1203合约，同时卖出国债1209合约，当时获利0.39元；在3月份国债1203合约到期时付出100元，然后在9月份国债1209合约到期时收获100元，总计半年获利0.39元。这是一个没有计算时间成本（机会成本）的套利策略，是最基本的原理，但并不符合实际套利操作。
当前银行间质押式回购利率较高，1个月期限的回购利率为4.6%，半年期限的回购利率为5.2%附近，如果所有的现金流都可以进行正回购或逆回购，并假设回购利率在到期之前都不变，那么上述交易就会有较高的机会成本。正确的投资策略应该如下：
到3月8日时，亏损0.39×（1+4.6%/12)=0.3915，到9月14日时，盈利100×（1+5.2%/2)-100=2.6，所以整个操作盈利2.2085元。也可以这么理解，如果按照第一种方式操作，机会成本是2.2085+0.3915=2.6元。　当然很多情况下投资者不会等到交割日再赚取利润，投资者在预测好单边市方向的基础上，可以通过价差变动来对冲平仓。比如表5，在收益率不断下降的过程中，未来价格上涨幅度会加快，通过反向对冲就可以获得套期收益。
一般情况下，如果我们只关注国债1203和1209两个品种进行套利，可能漏掉与国债1206构建的套利机会，为了有效的利用这三者之间存在的套利机会，我们还需要介绍更复杂的套利策略：蝶式跨期套利。
假如我们认为从3月到9月，国债收益率的下跌会提前实现，也就是当前国债1206期货合约的市场价格98在国债1203和国债1209构建的价格时间线上被低估，那么通过卖出国债1203和国债1209两个期货合约，同时2倍买入国债1206就可以在未来价差变化中获得利润。从2月15日至2月28日，国债1203上涨了0.18元，国债1209上涨了0.49元，而国债1206上涨了0.4元，相对来说国债1206与国债1203利差扩大了，而与国债1209的利差缩小了。
3、跨品种套利　目前在国内做跨品种套利不是很容易，主要是相互之间的关系度不高，比如股市和债，虽然大多数有着跷跷板关系，但很难有稳定的套利空间。我们以沪深300(2569.174,6.72,0.26%）和10年期国债为例介绍如何做跨品种套利。大部分时间沪深300指数与10年期国债收益率走势都一致，但并非完全一致，当出现背离时就是做跨品种套利的机会。比如历史上的2008年6月和2011年8月，这是股指均出现下滑迹象，但10年期国债收益率却不断上行。
如果我们认为未来经济会连续下滑，那么买入10年期国债收益率同时卖出股指期货，会产生一定的套利空间，具体组合比率需要根据两者之间的相互关系确定。
我们另外介绍国债现货和国债期货之间的套利方法，比如刚刚发行的5年期国债和刚刚启动仿真交易的国债期货品种之间理论上可以套利。2月15日发行的5年期国债票面利率为3.14%，票面价格为100，如果到期收益率为3%的话，价值应该为106.14元。
可以看出，相当于同为利率为3%的两只发行时间分别为当前和9月份的国债，一个价格为100.64元，一个价格为98.21元。在2月15日时分别融券卖出120003，同时在期货市场上买入国债1209，到9月14日期货市场上交割获得120003（当然通过转换比率计算），再偿还给债券持有者。整个过程可以在2月15日就实现2.43元的净利润。 套期保值就是在现货市场和期货市场对同一类商品进行数量相等但方向相反的买卖活动，或者通过构建不同的组合来避免未来价格变化带来损失的交易。
单个保值我们还是利用刚刚发行的120003和刚刚启动仿真交易的期货品种国债1209，介绍一下如何进行套期保值。如果投资者在2月15日购买120003时，不知道未来利率是上升还是下降，这时需要对其进行套期保值，转移其利率风险，获取其利息收入。那这个时候在期货市场上卖出国债1209即可。
如果国债1209在3月15日的价格高过98.57，则亏损加大；如果低于，则出现盈利，但相对于只购买120003来说，都使得亏损的金额和概率大幅减少。
组合保值当然如果不是用5年的国债现货与其共同构建套期保值，那么国债期货还具有快速修正组合久期的作用。目前国债期货保证金是合约价值的3%，而合约标的均为票面利率3%、票面价格为100的5年期国债，因此其久期如下表排列：
假设当前到期收益率为3%，购买国债期货为了降低组合久期，那么反向的建仓会通过保证金优势而快速达到效果。可以看出，由于杠杆放大了100/3=33.33倍，组合久期被快速下降。