（1）对风险的解释度不同：CAPM模型中，证券的风险只是某一证券对于市场组合的β来解释，只告诉投资者的风险大小，并不告诉投资者风险来源，只允许存在一个系统性风险因子，即投资者对市场投资组合的敏感度；APT模型中，投资风险由多个因素共同解释。

（2）模型的假设条件不同：CAPM模型的假设条件比较多，得出来的表达式比较简单，E(Ri)=rf+β(Rm-rf)；而APT模型的假设条件相对简单，得出的表示式比较复杂，以单因子套利定价模型为例——Ri= E(Ri)+βiF+ei （F表示实际对预期值的偏离，实际-预期）CAPM模型对投资期、投资者类型（假定投资者属于风险厌恶型）、投资者预期等方面做了假定，APT没有。

（3）市场的均衡原理不同：CAPM假定投资者具有相同的预期，都为理性投资者，所有人都会选择高收益、低风险的市场组合，放弃低收益、高风险的投资组合，直到所有放弃的投资组合的预期收益率达到或超过市场的平均水平为止；APT模型并没有假定投资者具有相同的预期，允许投资者为各种类型的人，部分理性投资者会进行无风险套利，促使市场保持均衡。

（4）实用性不同：CAPM所必须的假设条件严格，把收益的决定因素完全归结外部原因，在实际中的应用几乎没有；APT的假设条件比较符合现实情况，实用性比较大。

（5）适用范围不同：CAPM适用于各种企业，特别是对于资本成本的数额精确度要求比较低，管理者的自主测算风险值能力较弱的企业；APT适用于对资本成本的数额精确度要求较高的企业，理论本身的复杂性决定其适用于有能力各种风险因素、风险值进行测量的较大型企业。