指数分级基金存在多元化的投资策略，不仅独特的分级结构设计可以给不同风险承受能力的投资人提供不同的投资策略，而且投资人还可以通过各级份额之间的交易，衍生出更多投资策略。目前，指数分级基金有三个主流的操作策略，分别包括长期持有、波段操作和套利交易。
从长期投资角度来看，由于杠杆份额B类具有杠杆特性，波动性较大。一般来说，基础份额和A类份额更适合长期持有。基础份额相当于一只指数基金，而A类份额则类似于信用债券，可以持有到期获得约定收益率。而除了长期持有，目前最主流的指数分级基金投资方式就是不同份额轮番投资、波段操作。在波段操作中，A类份额适合偏好固定收益率产品的稳健型投资者，从现有持有人结构看，主要为企业年金、保险资金等，而投资时机则可在市场开始下跌时进行投资，特别是预期将发生向下不定期折算的时候，因为A类份额隐含看跌期权。而B类份额适合风险偏好较高、追求资金效率的激进型投资者，从现有持有人结构看，主要为券商自营、资管及QFII等。投资时机则与A类份额投资时机相反，当市场连续下跌一段时间、反弹预期较强烈时，恰是转入B类份额的良机。
相较于前面两类操作策略，分级基金的套利交易要复杂许多，并衍生出许多不同的投资方式。由于指数分级基金A、B两类份额各自有着不同的投资群体，因此常出现整体折溢价情况，套利空间较ETF等更大。具体来看，套利交易主要可分为六种，包括折溢价套利、股指期货对冲风险套利、无风险(持有底仓对冲风险)折溢价套利、结合融资融券套利、结合ETF套利和期现套利。