按照市价卖出~~

按你所描述的情形是在二级市场买入并在一级市场赎回进行套利。如果做的是瞬时套利，那你在二级市场买入ETF的价格应存在一定空间的折价（交易所实时公布ETF的IOPV（就是ETF的实时参考净值），你可根据IOPV与二级市场当前价格判断折溢价），并立即在一级市场赎回一篮子股票并卖出，股票卖出的价格是按每只股票的市价算的。所以ETF套利一般都是用程序化交易系统，这样冲击成本相对小。如果是个人自己做的话，那样不确定性就大很多了。

IOPV只是ETF的参考净值，并不是实际净值，所以基金公司每天会公布一次基金的实际净值供投资者了解。

看你操作的的软件是什么了。
一般证券公司给你的免费软件是不会自动卖出的。
有些专用的套利软件可以自动把赎回的股票自动按市价卖出。