1937年12月15日，日军在司法院难民区搜捕平民1000余人，被解除武装的军警400余人，总计2000余人，全部押至汉中门外，用机枪扫射，复用木柴，汽油焚烧。1937年12月15日下午2时，在挹江门姜家园南首，将居民300余人或用机枪射杀，或纵火烧死，无一幸免。1937年12月15日，日军将所俘军民9000余人，押往海军鱼雷营用机枪密集扫射杀害。1937年12月16日，日军将华侨招待所难民5000余人，押至下关中山码头，用步枪、机枪射死，尔后又把尸体推入江中，毁尸灭迹。1937年12月16日上午10时，在中山北路前法官训练所旧址，将平民吕发林等100余人，拖至四条巷塘边，用机枪射杀，无一幸免。1937年12月16日上午，在鼓楼五条巷四号难民区内，日军将被俘军民石岩、王克村等数百人，驱赶至大方巷广场上，以机枪射杀。1937年12月16日，在傅佐路12号，日军将平民谢来福、李小二等押至大方巷塘内枪杀，罹难者200余名。1937年12月17日，日军将逃至三叉河放生寺及慈幼院的男女400多名难民和被解除武装的军人，用机枪扫射，予以杀害。1937年12月17日，日军将从各处搜捕来的军民和首都电厂许江山等3000余人，在煤炭港至上元门江边，用枪杀、火烧，全部杀害。1937年12月18日，日军在下关南通路以北，将被俘军民300余人，集中该处麦地内，用机枪射杀，无一幸免。1937年12月18日，在大方巷难民区内，日军将青年单耀亭等4000余人，押送下关，用机枪射杀，无一生还。1937年12月18日夜，日军将圈禁于幕府山下的军民57400余人，用铁丝两人一扎，驱至下关草鞋峡，先用机枪扫射，继用刺刀乱戳，最后浇上煤油，纵火焚烧，残余骸骨均投于江中。1937年12月19日上午，在龙江桥口，日军将被俘军民500余名绑扎后，以机枪射杀，纵火烧毙，尚有气息者，便以刺刀刺死。1937年12月，日军在上新河，将从各处逃来的难民和散兵2873人，用机枪扫射，予以杀害。1937年12月，日军在燕子矶江边，集体屠杀待渡江逃难的难民和已解除武装的士兵5万余人。1937年12月，日军在城外宝塔桥及鱼雷营一带，屠杀被俘军民3万人以上。1937年12月，日军将被俘军民500余人在九甲七子江边等处枪杀。1937年12月，难民5000余名，士兵2000余名，在中华门外附近凤台乡、花神庙一带，被日军屠杀。此外，还有10案是日军在鼓楼四条巷难民所、五条巷、北圩、太平乡、中华门外西街、石观音、扫帚苍、小心桥消灾庵、通济门外四方城龙华寺、武定门外正觉寺、南门外方家山长生寺等处，集体屠杀了近万名的居民、僧人、尼姑等。上述28案，经南京军事法庭反复查证，证据确凿，有案可查，时间大部分发生在1937年12月15日至18日，其中15日、16日屠杀尤其频繁。地点多发生在下关和沿江一带。手段一般先用枪杀，然后毁尸灭迹。