这一理论存在一些缺陷，主要表现在：
1. 利率平价说没有考虑交易成本。然而，交易成本却是很重要的因素。如果各种交易过高，就会影响套利收益，从而影响汇率与利率的关系。如果考虑交易成本，国际间的抛补套利活动在达到利率平价之前就会停止。
2. 利率平价说假定不存在资本流动障碍，假定资金能顺利，不受限制地在国际间流动。但实际上，资金在国际间流动会受到外汇管制和外汇市场不发达等因素的阻碍。目前，只有在少数国际金融中心才存在完善的期汇市场，资金流动所受限制也少。
3. 利率平价说还假定套利资金规模是无限的，故套利者能不断进行抛补套利，直到利率平价成立。