套利交易虽然理论上比单边交易风险低，但其风险亦不可低估。以股票价差套利为例，虽然股票价差套利交易风险一般很低，但仍存在出现极端价格变动导致风险大幅提高的可能，特别是在金融危机导致价格波动加剧的时期。如果保证金占用过多，杠杆过大，价格剧烈波动时也容易出现保证金不足的情况。
正因为存在各种实际操作中的风险，套利交易在某些市场上才未能充分进行。阻碍套利充分进行的因素统称为“套利的限制因素”。 通常两到三笔交易无法严格同时成交，因此存在套利组合部分成交而部分暴露于价格波动的可能，及平仓时无法确保成交于获利价位的可能。
不同市场交易时间不同也给套利者带来了风险。例如套利者发现了IBM公司的股票价格在NYSE与LSE存在可获利价差，但是他无法在两个交易所同时完成组合操作，因NYSE与LSE交易时段不一致。 由于套利交易牵涉到未来的资金交割，因此具有交易对手违约，无法支付资金的风险。如果交易对手只有一个或众多相关的交易都牵涉到一个交易对手，则风险进一步提高，特别是在金融危机时，众多交易对手违约，通过杠杆将风险放大。
例如某个套利者购买了大量高风险债券，并通过信贷违约互换对冲风险。套利者希望从债券的收益率与信贷违约互换的价差间获利。但在严重的金融危机发生时，债券发行方可能违约，无法支付本利，违约互换的发行方也有违约可能，两个市场都可能丧失流动性，给套利者带来沉重损失。 “市场处在非理性状态的时间可能远长于你有足够资金的时间”—凯恩斯
正向套利者可以被视为赌价差回归“正常值”者。如果资产组合相关性违背预期，即正常比价或差价关系未能恢复，甚至进一步偏离常值，或保证金要求提高，套利者可能面临资金流动性不足的风险。历史上很多套利者在价差回归常值之前即用尽保证金且无法及时借款补充，即使价差最终回归到获利区间，套利者还是有可能以交易亏损告终。实际上，正向套利者的操作形同卖出自己保持资金充裕能力的看跌期权。
在金融危机时各种资产的价格的关联关系都可能被打破，因为投资者争相将资金由风险资产（如股票、期权）转向安全资产（美国政府债券或银行存款），资金流向逆转，流动性降低使借助杠杆的投资者在面临最大的风险之时发现筹集资金也变得最为困难。 长期资本管理公司（LTCM）的固定收益债券套利策略在1998年9月造成了46亿美元的损失。LTCM的策略为做空美国国债与其他国家国债的价差。例如，意大利国债期货的价格短期内通常低于美国国债期货价格，因为意大利国债的风险较美国国债高，需要以更高的收益率即更低的价格出售。但长期看来两者价差将缩小。由于国债间价差变动通常不大，LTCM需要大量借款、提高杠杆来从微小的价差变动中获利。
LTCM的策略失败始自1998年8月17日的俄罗斯债务违约事件。